События Red Faction: Armageddon происходят спустя полстолетия после восстания и освобождения Марса от Сил Земной Защиты. Однако мир на красной планете продержался недолго, и теперь новая смертельная угроза нависла над жителями Марса. Все начинается с того, что массивный Терраформер, который поддерживал на планете атмосферу, похожую на Земную, был уничтожен. Жить на поверхности теперь стало...